Moby Lines wurde 1959 unter dem Namen Navigazione Arcipelago Maddalenino (NAVARMA) von Achille Onorato gegründet und nahm den Verkehr von Sardinien zu den vorgelagerten Inseln mit der aus Dänemark gekauften kleinen Fähre M/S Maria Maddalena auf. In den 1990er Jahren wurde offiziell der Name Moby Lines eingeführt.

Moby Lines betreibt Fähren und Kreuzfahrtfähren zwischen dem italienischen und französischen Festland und den Inseln Elba, Sardinien und Korsika. Die wichtigsten Routen führen von Livorno, Piombino, Genua und Civitavecchia nach Olbia, Golfo Aranci und Porto Torres auf Sardinien. Nach Korsika verkehren Fähren von Livorno, Piombino und Genua nach Bastia und Ajaccio. Die Route Santa Teresa Gallura nach Bonifacio dauert etwa 50 Minuten.

Die Flotte umfasst 16 Schiffe. Seit 1996 wurde die Flotte mit neuen, größeren und schnelleren Schiffen erweitert, darunter die Schnellkreuzfahrtfähren Moby Wonder, Moby Freedom und Moby Aki. 2020 begann der Bau von zwei Neubauten bei der Guangzhou Shipyard mit 238 Metern Länge und etwa 69.500 BRZ für die 7-9-stündige Überfahrt Livorno-Olbia. Die Schiffe tragen Warner Bros. Looney Tunes-Figuren als äußere Lackierung.

2006 übernahm Moby Lines Lloyd Sardegna, 2012 Toremar und 2015 Tirrenia und bildete damit die Onorato Group. Heute betreibt die Gruppe 38 Schiffe in 33 Häfen mit über 41.000 jährlichen Abfahrten. 1991 ereignete sich mit der Moby Prince die schlimmste Katastrophe der italienischen Handelsmarine seit dem Zweiten Weltkrieg mit 140 Todesopfern.